Berikut adalah University Value (ciri khas) UM Papua:
UM Papua menitik beratkan pada kebebasan akademik, kebebasan mimbar akademik, dan otonomi keilmuan sesuai dengan UU No. 20 Tahun 2001 tentang Sistem Pendidikan Nasional, Qaidah Perguruan Tinggi Muhammadiyah, serta peraturan dan perundang-undangan yang berlaku.
UM Papua memberikan kebebasan mimbar akademik dan otonomi keilmuan yang dapat dipertanggungjawabkan dalam mimbar atau forum akademik, seperti ceramah, seminar, dan kegiatan-kegiatan ilmiah lainnya.
UM Papua menjunjung tinggi norma-norma serta etika akademik, dan demokratis dengan senantiasa menghargai hakekat prinsif-prinsif dan ciri khas tiap-tiap ilmu pengetahuan dan teknologi, filosofi, konsep, teori, pendekatan, metode, teknik, strategi dalam melaksanakan pendidikan, penelitian, pengabdian pada masyarakat, kebebasan mimbar akademik, kebebasan akademik dan otonomi keilmuan.
UM Papua membentuk manusia yang beriman dan bertaqwa, berkualitas (berilmu, terampil, dan memiliki sikap positif), demokratis, menghargai harkat dan martabat orang lain, anti kekerasan, tanggap terhadap kondisi masyarakat, senantiasa berjuang untuk menciptakan, menjaga dan mengembangkan persatuan dan kesatuan bangsa.
